Commissies kunnen vanuit de HGK worden ondersteund. Zij voeren zelf hun plannen uit in samenwerking met de mensen die zij hier bij willen betrekken. Zo werkt de Commissie Jom Hashoa samen met leden van de Liberaal Joodse Gemeente. Vertegenwoordigers van deze commissies nemen als adviseurs deel aan de raadsvergadering.
De werkgroep Straatpastoraat is een zelfstandige stichting die samenwerkt met de Haagse Gemeenschap van Kerken. Deze stichting ondersteunt het werk van de straatpastores die in Den Haag actief zijn. Het Straatpastoraat leent een luisterend oor aan mensen die een groot deel van hun dagen en nachten doorbrengen op straat of in de maatschappelijke opvang. Het biedt ruimte aan hen om te praten over de dingen die hen bezig houden, of het nu gaat om de zorgen van alledag of om ‘hogere’ of diepere vragen van geloof en leven. Daarbij is er respect en aandacht voor mensen zoals ze zijn. De boodschap van het christelijk geloof is een bron van inspiratie vormt. Gesprekken over geloofsvragen en godsdienstige thema’s worden met openheid gevoerd.